挖掘小豆开花时间相关遗传位点对于指导小豆育种与生产至关重要。本研究以220份栽培小豆组成的自然群体为试验材料，在安徽省马鞍山市对其开展连续两年的开花时间表型观测，同时结合全基因组重测序获得的SNPs分析该小豆群体的群体结构并使用混合线性模型进行开花时间全基因组关联分析。结果表明，群体结构分析将小豆材料分成3个亚群（G1，G2，G3），这些亚群的划分与材料的地理位置和品种类型相关。小豆材料开花时间表型变异丰富，介于40～81 d之间，不同亚群的开花时间差异显著。关联分析共定位到8个开花时间QTL，分布在2、3、4、5、10和11号染色体上。基于基因功能注释，从这些QTL区间初步筛选出9个可能影响开花时间的候选基因。对在模式植物中直接调控开花时间的4个候选基因Vigan02g270300（前体mRNA剪切复合体II Clp1家族蛋白）、Vigan10g218300（CDF转录因子）、Vigan11g079500（CONSTANS类锌指蛋白）和Vigan11g080900（春化不敏感蛋白VIL1）进行单倍型分析，发现Vigan10g218300的一个单倍型Hap2与早花有关。本研究为进一步解析小豆开花调控的遗传机制、培育生育期适宜的小豆品种提供理论依据。