借助生物信息学筛选卵巢癌预后的关键基因
目的 利用生物信息学筛选卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新靶点。方法 从基因表达综合数据库的GSE26712、GSE6008、GSE18520数据集中下载卵巢癌数据,用R软件limma包进行归一化处理、差异表达基因(DEGs)分析,用Venn图取3个数据集重叠的DEGs。使用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,在STRING数据库构建DEGs蛋白质-蛋白质相互作用网络,并通过Cytoscape软件筛选出排名前十的关键基因,采用基因表达谱交互分析数据库验证关键基因在卵巢癌及不同分期卵巢癌组织中的表达情况。在Kaplan-Meier Plotter数据库中对关键基因进行生存分析,利用人类蛋白质图谱数据库中的免疫组化结果比较关键基因在正常卵巢和卵巢癌样本中的蛋白表达。结果 共得66个DEGs。GO功能注释主要与对激素的反应、腺体发育等相关,KEGG通路主要富集在细胞黏附分子通路、色氨酸代谢通路等。在卵巢癌组织中,核心蛋白聚糖(DCN)、骨调节蛋白(OMD)、细胞外基质蛋白2(ECM2)低表达,紧密连接蛋白7(CLDN7)、紧密连接蛋白4(CLDN4)、上皮细胞黏附分子(EPCAM)、上皮剪接调节蛋白1(ESRP1)、丝氨酸肽酶抑制因子(Kunitz型)(SPINT1)、分化簇24高表达,仅OMD与患者病理分期相关(P0.05)。SPINT1高表达有利于患者生存预后,CLDN4、DCN、ECM2、ESRP1、OMD高表达对患者的生存预后不利。CLDN7、CLDN4、DCN、EPCAM的免疫组化结果理想,除EPCAM外均对预后有意义。结论 CLDN7、CLDN4、DCN与卵巢癌预后密切相关,但仍待深入研究。
妇儿健康导刊
2025年10期
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